Jeremyk, Aelitak, Ulrichek, Yumik eta Oddek ez dakite Eva Skinner superordenagailua dagoen fabrikara eramanez Lyokorako sarrera non dagoen erakutsi diotela beren etsairik okerrenari. Eta ez hari bakarrik, zeren zelatan baitzegoen Grigory Nictapolus, Green Phoenix izeneko talde terroristaren espioi erruki gabea ere. Hala, Jeremyk Lyokoko mundua eta Lehenengo Hirikoa batzen dituenean, X.A.N.A.k bere behinolako ahalmen guztiak berreskuratzen ditu, eta Green Phoenixekin elkartzea erabakitzen du, era horretan mundu birtualean gordeta dagoen arma ikaragarria martzan jarriz...